本署隸屬於臺灣高等檢察署臺南檢察分署，主要任務為追訴犯罪、指揮刑事裁判之執行，推動司法保護工作藉以維護社會治安，防制犯罪、保障人民生命、財產之安全。

本署置檢察長1人、襄閱主任檢察官1人、主任檢察官、檢察官、檢察事務官、法醫師（檢驗員）各若干人，設書記處、觀護人室、法醫室、人事室、會計室、統計室、政風室、資訊室等一級單位，書記處之下並設紀錄科、執行科、文書科、總務科、研考科、資料科等6科及法警室。此外，本署檢察長並依法監督法務部矯正署臺南看守所及法務部矯正署臺南少年觀護所(含戒治所)。